卵巢囊肿并没有最佳的治疗方法。治疗方法需要根据囊肿的性质、大小以及对患者造成的影响决定。卵巢生理性囊肿一般是不需要进行治疗。卵巢子宫内膜异位症导致的巧克力囊肿的治疗方法很有多，包括药物性治疗和穿刺等等，保守治疗的方法，比如非甾体类抗炎药、口服避孕药、孕激素受体拮抗剂等等，包括假孕疗法、假绝经疗法等。卵巢囊肿的剥除术是较为彻底的治疗方法，但术后仍有复发的可能。手术治疗最适合性质不能明确的卵巢肿物，不仅可以明确肿瘤的病理性质，同时可以根据病理结果进行彻底的治疗。

卵巢囊肿注意囊肿的性质、囊肿的体积、囊肿内容物、卵巢囊肿的生长的速度、其它的异常。一、囊肿的性质是生理性或者病理性的，是良性的或者恶性的，通过检查以及临床指标，可以进行初步的判断。二、囊肿的体积，卵巢囊肿是从小到大逐渐发展的，但也有囊肿在体内生长，患者没有任何感觉，只有感觉到肚子膨胀，才来做检查，这时候囊肿可能会比较大。所以要看囊肿的体积，如果囊肿的体积超过五公分以上，要高度重视。三、看囊肿内容物都有哪些，单纯的囊肿提示良性的可能性比较大。如果除囊肿囊液以外，囊内还有很多其它实性的东西，看它是良性的还是是恶性的。四、注意卵巢囊肿的生长的速度，一般卵巢的良性肿瘤生长比较缓慢，而恶性肿瘤的生长比较迅速，短期内它的直径就能超过几公分。五、注意除了囊肿以外，腹腔内还有没有其它的异常，比如腹腔的积液。一般良性肿瘤绝大部分是没有腹水的，而恶性卵巢肿瘤会伴有腹水。所以发现卵巢囊肿时应该从它的性质、体积、内容物以及伴随的其它状况进行综合分析。可能还要抽血查肿瘤标志物，综合判断是良性是恶性，然后再进行相应的处理。

如果绝经后女性的卵巢囊肿，随着时间在逐渐的增长，肿瘤标记物有异常的升高，如果合并一个家族的肿瘤时，对于卵巢囊肿治疗就要积极选择手术治疗，会考虑切除，至少要切除患侧的卵巢和输卵管。如果对于一个绝经前的女性不必恐慌，但是不查以及合适的肿瘤标记物的检测也是应该选择的内容。因为卵巢的肿物，确实有的时候是会发生扭转、破裂甚至恶变的，所以要积极的来进行复查，来制定一个合理的方案。卵巢囊肿治疗是有个体化的原则，对于一个育龄期的女性来说，卵巢是一个非常活跃的器官，每个月都要排卵，形成黄体，还可能会有生发上皮的囊肿，也可能会有滤泡的囊肿，这些囊肿都可能生理性的，三个月或者半年不需要治疗，就会自然的消失。对于育龄期的女性朋友来说，超声提示了卵巢上有一个纯囊性的肿物，建议三个月之后在月经刚干净的时候复查B超，这时卵巢肿物就消失了。所以对于育龄期女性来说，得了卵巢囊肿重要的是要定期的复查，而且选择在月经干净三天之内的时间，这个时候卵巢上生理性的肿物应该是一个自然消退的状态。对于一个绝经后的女性来说，卵巢囊肿尤其是新发现的卵巢囊肿就一定要重视了，或者绝经后的女性如果在绝经前就有卵巢囊肿，而绝经后并没有消失，且还在逐渐的生长，一定要警惕是否发生了不良的变化，包括恶变。这时候除影像学的检查，建议做肿瘤标记物的检查，做盆腔核磁的检查，同时要了解有没有家族的肿瘤病史。

生理性卵巢囊肿一般2~3个月可消失。生理性卵巢囊肿又称卵巢瘤样病变，主要包括滤泡囊肿和黄体囊肿，是生育期妇女最常见的卵巢瘤样病变，多为单侧。卵巢囊肿壁薄，直径一般小于等于8厘米，观察或口服避孕药物后，2~3个月常可自行消失。若肿块持续存在或增大，则卵巢肿瘤的可能性较大，此时需要进行治疗。一般可选择卵巢肿瘤剥除术，或一侧卵巢切除术，或持续观察三个月，囊肿无增大，可无并发症出现，一般无需处理。若出现并发症，如蒂扭转，破裂，感染或恶变等可能，需要进行手术治疗。手术可选择卵巢囊肿剥除术或一侧卵巢切除术，若囊肿继续增大产生压迫症状，常需进行囊肿剥除手术。

一般情况下卵巢囊肿会影响到怀孕，但是也要根据囊肿的具体情况或者是病情的原因和症状来决定，如果是轻微并且及时治疗的话，就不会影响到怀孕，如果严重而且没有及时治疗的话就会造成不孕。因为卵巢囊肿是否能够影响生育是与囊肿的性质还有大小发生的部位等各个方面有关系，所以说一定要在医院接受专门的诊治后确定。1、一定要保持积极乐观的态度和心情，不要总是处于消极的状态下。2、可以在平时加强锻炼，提高身体的免疫力和抵抗能力。