先天性淋巴组织畸形发生时，颈内静脉和锁骨下静脉交界处扩大形成囊空间称为颈囊。淋巴系统从开发的一部分宫颈囊在胚胎发育，如果淋巴组织的一部分迷走仍然维持胚胎期的性质，继续发展和增加，显示淋巴流体和覆盖内皮多腔的囊，就会导致颈部水囊瘤的形成。