出现慢性腹泻后可以吃磺胺类药物，该类药物有很好的止泻疗效，不过服药时最好遵听医嘱。如果腹泻情况比较严重，则可以应用吸附性止泻药。另外，因细菌、真菌引起的慢性腹泻，可服用抗生素来抑菌杀菌，达到治疗目的。而中药上可以服用人参健脾丸、六君子丸、附子理中丸等中成药来治疗慢性腹泻。

慢性腹泻患者需要忌吃含油脂过高的食物，所以在烹饪菜肴时，要控制好植物油的用量，尽量以蒸、炖的方式制作。另外，也要限制高蛋白食物的摄入，且少吃会促排便的高纤维食物，以及会对肠胃造成刺激的辛辣刺激食物，这样才能让慢性腹泻更快恢复。

小儿慢性腹泻的病程一般会持续两个月左右，还有的患儿可能不会持续性的腹泻，但每次发作间隔时间都在两到四周不等。患儿每次病情发作时，都会表现为大便次数增加、大便性状稀薄，且伴随有腹痛、肚脐胀痛的症状。而导致慢性腹泻病程延长的原因，主要是原发病未能及时控制有关。

慢性腹泻的主要危害之一是会导致肠道菌群失调，可诱发真菌性肠炎、肠出血等多种大肠疾病，严重时可能会导致肠穿孔。同时会因为长期性腹泻而出现免疫力下降的情况，且会因此而发生继发性感染。除此之外，还会引起营养不良和肝肾功能异常。

出现慢性腹泻症状时，可以服用西药进行治疗，比如用益生菌调理肠道菌群，用蒙脱石散、诺氟沙星胶囊等止泻；也可以辨证服用中药治疗，比如黄连素、加味胃苓汤、参苓白术散等，都可以起到不错的止泻效果。