扁桃体切除后遗症出血、伤口感染和肺部并发症，有的会失去局部的免疫反应，甚至出现免疫监视障碍。
扁桃体作为一个免疫器官，自有其生理功能，任意切除扁桃体将失去局部的免疫反应，甚至出现免疫监视障碍。因此做扁桃体切除术时，需严格掌握手术适应症。
扁桃体切除术的手术方法有剥离法和挤切法两种。扁桃体切除术后并发症主要有出血、伤口感染和肺部并发症。术后24小时内发生出血者，为原发性，常见原因为术中止血不彻底，留有扁桃体残体，或肾上腺素的后作用所致。其次为术后咽部活动过于剧烈，如咳嗽吞咽等。
继发性出血发生于术后五到六天，此时扁桃体手术创面生长的白膜开始脱落，如果进食时不慎擦伤创面，可导致出血，需及时止血。
伤口感染表现为术后三天体温突然升高，或术后体温一直持续在38度5以上。术后腭弓肿胀，创面不生长白膜或白膜生长不均匀，患者咽痛加重，下颌下淋巴结肿大疼痛，均应考虑伤口感染。应及时使用抗生素治疗，肺部并发症是指手术中如有过多的血液或异物，被吸入呼吸道，经X线证实有肺部有病变时，可经支气管镜检查，吸出血液及异物，同时选用足量抗生素治疗。